موزه هنرهای معاصر فلسطین به عنوان یک مؤسسه وابسته به فرهنگستان هنر، در سال ۱۳۸۴ افتتاح شده‌است.
این ساختمان ۶۹۲ متر مربع مساحت دارد و مخصوص برگزاری نمایشگاه‌های جهان اسلام است. این ساختمان در ضلع شمال غربی تقاطع خیابان مظفر و بزرگمهر واقع شده‌است. درخیابان بزرگمهر، در فاصله دو خیابان برادران شهید مظفر (صبا) و فلسطین، دیوار به دیوار سفارت فلسطین باغ سبزی قرار دارد با یک ساختمان قدیمی، ساختمانی برای نمایش هنر مقاومت مردمی برای دفاع از سرزمین اجدادی شان با اشغالگران جنگیده‌اند. موزه نامی دارد؛ یادآور هنر مقاومت و حماسه و وطن دوستی: «موزه هنرهای معاصر فلسطین»
موزه هنرهای معاصر فلسطین در نخستین روزهای سال ۱۳۸۵ به همت فرهنگستان هنر و با مشارکت هنرمندان ایرانی و فلسطینی راه‌اندازی شد و از مرداد ماه همان سال فعالیت خود را به‌طور رسمی آغاز کرد.
اندیشه تأسیس موزه ای برای نمایش مقاومت مردم فلسطین در سال ۱۳۸۱، همزمان با برگزاری نمایشگاه هنر مقاومت در حمایت از انتفاضه مردم فلسطین در فرهنگستان هنر شکل گرفت. به همین منظور در کنار برگزاری نمایشگاه هنر مقاومت، ۶۵ اثر از آثار هنرمندان برجسته خریداری شد. این آثار متعلق به بهترین نقاشان فلسطینی رانده شده از سرزمین مادری و مقیم در کشورهای سوریه، لبنان و اردن بود.
موضوع راه اندازی موزه هنرهای معاصر فلسطین، با واگذاری ساختمان اندیشه در خیابان صبای شمالی، نبش خیابان بزرگمهر جانی دوباره گرفت. در سال ۱۳۸۳ شهردار وقت تهران، ساختمان اندیشه را در اختیار فرهنگستان هنر قرار داد. ساختمان اندیشه بنایی قدیمی بود که پس از مرمت، با نام سرای اندیشه و به عنوان مرکزی فرهنگی مورد استفاده قرار می‌گرفت. فرهنگستان هنر، با طراحی و نظارت رئیس وقت، تغییراتی اساسی در ساختمان ایجاد کرد تا بنا برای تغییر کاربری و تبدیل به موزه ای دائمی آماده شود.
ساختمان موزه مشتمل بر هشت گالری، با مساحتی در حدود ۷۰۰ متر مربع در سه طبقه راه اندازی و خبر افتتاح آن همزمان با بازدید مقام معظم رهبری از دو سالانه پوستر جهان اسلام اعلام شد.
۲۸ فروردین ۱۳۸۵، همزمان با میلاد پیامبر اکرم (ص) و برگزاری اجلاس بین‌المللی قدس، موزه با حضور سفیران کشورهای لبنان، اردن، فلسطین و چند کشور اسلامی دیگر به‌طور موقت گشایش یافت.
چهار ماه بعد، در بیست و سومین روز مرداد، موزه هنرهای معاصر فلسطین با هدف راه اندازی بزرگترین عرصه گفتگو، تعامل، تبادل نظر و انتقال تجارب و دستاوردهای هنرمندان ایران، فلسطین و سایر کشورها اسلامی با محور پیوندهای فرهنگی، اعتقادی و مشترکات فکری، همزمان با افتتاح نمایشگاه هولوکاست، کار خود را به‌طور رسمی آغاز کرد